Rubys far Norman er den nye Gym Leader i Petalburg City. Men Ruby ønsker ikke at følge i sin fars fodspor - han vil vinde Pokémon-konkurrencer! Sapphires far professor Birch er den lokale Pokémon-forsker. Men Sapphire er træt af at samle videnskabelige data - hun vil vinde Pokémon Battles! Når Ruby og Sapphire mødes, er der større sandsynlighed for, at de slår hinanden, end at de slår den af. Men så udfordrer Sapphire Ruby til en konkurrence! Hvem af dem vil nå deres drømme på bare firs dage?!