Commission of Counter Ghoul er den eneste organisation, der bekæmper Ghoul-truslen, og de vil bruge ethvert værktøj til deres rådighed for at beskytte menneskeheden mod dens ultimative rovdyr.
Deres nyeste våben i denne skjulte krig er en eksperimentel procedure, der implanterer menneskelige efterforskere med en Ghoul's Kagune, hvilket giver dem Ghoul-kræfter og -evner. Men både proceduren og det nyoprettede Qs Squad er utestede. Vil de blive helte ... eller monstre?!
Haise Sasaki har fået til opgave at lære Qs Squad at være fremragende efterforskere, men hans opgave er kompliceret af hans underordnedes besværlige personligheder og hans eget usikre greb om hans Ghoul-kræfter.
Kan han trække denne ragtag-gruppe sammen som et hold, eller vil Qs Squads første opgave være deres sidste?